El Consejo de Dirección es el órgano colegiado de gobierno del Servicio de Salud, cuya composición y estructura se determinan mediante la Ley 5/2003, de 4 de abril, y los Estatutos del Servicio de Salud, de acuerdo con la Ley 7/2010, de 21 de julio, del sector público instrumental de la Comunidad Autónoma de las Islas Baleares.
Los órganos superiores de dirección del Servicio de Salud son el Consejo de Dirección, la Dirección General y la Secretaría General.
La Presidencia la ejerce la persona titular de la consejería competente en materia de salud.
Presidenta: Manuela García Romero
- director general del Servicio de Salud: Javier Ureña Morales
- director de Gestión y Presupuestos del Servicio de Salud: Yago Gómez Pérez
- directora gerente del Hospital Universitario Son Espases: Cristina Granados Ulecia
- directora gerente del Hospital Universitario Son Llàtzer: Soledad Gallardo Bonet
- director gerente del Hospital Comarcal de Inca: Francisco Ferrer Sancho
- director gerente del Hospital Comarcal de Manacor: Ignacio Casas Ollé
- director gerente del Servicio de Atención Médica Urgente 061: Eloy Villalba Ballesteros
- director gerente de Atención Primaria: Carlos Raduán de Páramo
- director gerente del Área de Salud de Menorca: Bernardo M. Pax Bosch
- director gerente del Área de Salud de Ibiza y Formentera: José Enrique Garcerán Azorín-Gómez
- directora de Recursos Humanos del Servicio de Salud: Margarita Bujosa Pocovi
- director general de Presupuestos y Financiación de la Consejería de Economía, Hacienda e Innovación: Bartomeu Alcover Bisbal
- director de Asistencia Sanitaria del Servicio de Salud: Raúl Lara Hernández
- directora de Área de Coordinación Administrativa del Servicio de Salud: Catalina Maria Reynés Llobera
- subdirector de Contabilidad y Análisis: Andreu Díaz Rubio